XIV ғ. ортасында Шағатай ұлысы екі бөлікке: шығыс және батыс болып бөлінді. Шығыс бөлігі Моғолстан, яғни "моғолдар" мемлекеті, ал батыс бөлігі Мауераннахрда Әмір Темір (Ақсақ Темір, Темірлан) басқарған мемлекеті болып құрылды. 

Мұхаммед Хайдар Дулатидың "Тарихи Рашиди" еңбегінде Моғолстанның шекарасын былай көрсетеді: "... қазір Моғолстан деп аталатын мемлекеттің территориясының ені мен ұзындығы, қашықтығы 7-8 айлық жол. Моғолстанның шығыс бөлігі Барыскөл, Еміл мен Ертіс өзендерін қамти отырып, қалмақтардың жерімен шектесіп жатыр. Солтүстігінде Көкше-теңіз (Балхаш), Бум мен Қаратал өзендерімен шектеседі. Ал, оңтүстігінде Ферғана вилайеті, Қашқар, Ақсу, Чалыш және Турфанмен шектесіп, батысы Түркістан мен Ташкентке дейін созылып жатыр". Бұдан біз Моғолстанның басым бөлегін Оңтүстік Шығыс Қазақстан жері алып жатқандығын көреміз. 

Моғолстан мемлекетінің халқы негізінен түркі халықтарынан, соның ішінде қазақ халқының құрамына кіретін тайпалар мен рулардан құралған. Моғолстан халқы осы өңірде тарихы қалыптасқан көшпелі және жартылай көшпелі тұрмыс кешті . Моғолстан мемлекетінің атауы "моғол", "могул" этнонимдерінен шыққан. 

Олай болса, "Моғолстан" тарихи-географиялық атау болып табылады. Моғолдық этносқа кіретін рулар мен тайпалық бірлестіктердің ерекшелігі, олардың түркі тілдестігінде. өйткені сырттан келген монғолдар жергілікті халықпен араласып кеткен еді. Моғолстан мемлекеті орта ғасырлық тарихи шығармаларда жергілікті түркі және түріктенген монғол тайпаларының ұзаққа созылған араласу және өзара сіңісу барысында "моғол" атты этносаяси қауымдастыққа біріккен мемлекеттік саяси бірлестік ретінде көрініс табады. 

Моғолстанның бірінші билеушісі Тоғлық-Темір хан ұлыс-бектік басқару жүйесін сақтай отырып, орталық басқару жүйесіне көңіл бөлді. 

Тоғылық-Темір Алмалық қаласын хандықтың орталығына айналдыра отырып, алым-салым жүйесін тәртіпке келтірді. Сондай-ақ, ол бір күнде 160 мың адамды мұсылман дініне тарта отырып, мұсылман дінін мемлекеттік дәрежеге көтерді. Бұл жайлы бірқатар деректерде, солардың ішінде алғашқы болып Мұхаммед Хайдар Дулатидің "Тарихи Рашиди" еңбегінде айтылған . 

Тоғылық Темір мемлекеттің сыртқы саясатында Мауераннахрды өзіне бағындыруды басты мақсат етіп қойды. 1360 жылы қаңтар айында Тоғылық Темір әскері Сырдарияның арғы бетіне өтіп, Шахрисябзға шабуыл жасады. өз ара жауласып жатқан жергілікті әмірлер оған қарсылық жасай алмады, олардың ішінен Темір атты жас әмір өз бетімен Тоғылық Темірдің билігін мойындады. Осы қызметі үшін оған Кеш қаласы мен оған іргелес жерлер берілді. Моғол ханының саясаты Әмір Темірдің билікке келуін жеңілдетті. 

1361 жылы көктем айларында Тоғылық Темір Мауераннахр жаңа жорық ұйымдастырды. Мауераннахрдағы ықпалды әмірлердің бірі қажы Барлас Хорасанға қашты. Тоғылық Темір өз әскерімен оңтүстіктегі Құндыз қаласына дейін жетіп, көктем-жаз айларын сонда өткізді. Күзде Самарқандқа оралды. Мауераннахрдың билігіне баласы Ілиясты қалдырды. Моғолдар өздері жаулап алған жерлерді тонаушылыққа ұшыратты. Билікқұмар Әмір Темір халықтың моғол билеушілеріне наразылығын пайдалана отырып, Ілиясқа қарсы жымысқы әрекеттер жасай бастады. Тоғылық Темірдің қайтыс болуына байланысты Ілияс Моғолстанға қайта оралды. Қайтар жолда Ілияс Қожа әскері, Әмір Темірдің әскеріне кезігіп қалды. Екеуінің арасында болған шайқас барысында Ілияс Қожа жеңіліп, тұтқынға түсті. Алайда, Әмір Темірдің есіне Тоғылық Темірдің оған жергілікті тайпалармен болған күресте көмектескені есіне түскен болу керек, Ілиясты босатып, Моғолстанға кері оралуға мүмкіндік берді. 

Билеушілер арасында болған бұл оқиға ұмытылған жоқ. Моғолстанның билігіне келген Ілияс Қожа 1365 жылы Әмір Темірге қарсы жорық жасады. Сырдарияның жағасында Чиназ бен Ташкент қалалары аралығында тарихшылар "Батпақ шайқасы" деп атап кеткен оқиға болды. Шайқас жүріп жатқан кезде жаңбыр жауып, жер батпаққа айналып, шайқасушыларға көп кедергі келтірді. Шыңдалған моғол әскерінің жеңуіне Шамс ад-Дин Дулат басқарған тың әскердің көп көмегі тиді. Әмір Темірдің әскері кері шегінгенде көп адам батпақ пен лайға тапталған еді. "Тарихи Рашиди" шығармасында "майдан даласында он мыңдай адам қаза тапты" деп жазады. 

Осылай Самарқандқа баратын жол ашылғаннан кейін, моғол әскері жергілікті халықты тонауға кірісті. Сербедарлардың рухани қозғалысының мүшелері қала тұрғындарына басшылық жасай отырып, моғол әскеріне қатты қарсылық көрсетті. Қоршаудың ұзаққа созылуы моғол әскерін әлсіретті. Сондай-ақ жылқылардың арасында аусыл ауруының кең таралуынан шығын көбейіп, "төрт салт аттыға бір аттан ғана қалды". Моғолдар қаланы тастап кетуге мәжбүр болды. Сөйтіп, моғол хандары Шағатай әулетінің Орта Азиядағы үстемдігін қайта қалпына келтіре алмады. 

Әмір Темір бұл жағдайды пайдалана отырып Моғолстан жеріне көз сүзе бастады. Жаулап алушыларға қарсы Қызыр Қожа (1388-1389 жж.) мен оның баласы Мұқан хан (1408-1416 жж.) күрес жүргізді. Бірақ бұлардың ешқайсысы Әмір Темірдің жаулап алу жорықтарына қарсы тұра алмады. Моғолстан әскері жаулап алушылармен болған бірнеше шайқаста жеңіліс тапты. Моғолстан мемлекетінде ыдырау процессі басталып, XV ғасырдың соңына дейін созылды. 1433-1462 ж. Уәйіс ханның ұлы Есен Бұға Дешті Қыпшақ халқының бір бөлігін Жетісуға көшірді. Осы жерде түркі тайпаларынан қазақ халқы, ал Тянь-Шанның бөктерінде қырғыз халқының қалыптасу процесі басталды. Шығыстан ойрат-қалмақтардың жорықтары бұл мемлекеттің әлсіреуіне әсер етті. 

Моғолстанның соңғы ханы 1514 ж. билікке келген Жүністің немересі Әбу Сейіт хан еді. Ол Қашқарияға кетуге мәжбүр болып, Шығыс Түркістанда жаңа "Моғол" мемлекетінің негізін салды. Құлаған Моғол мемлекетінің ендігі тарихы қазіргі Қазақстанның географиялық аумағынан тыс жерде өрбіді.